Gecen haftalarda, Turkiye’de calismayi dusundugum konulardan dolayi, tekrardan yayinlarina goz gecirmek istedim. Bu esnada grup sayfasina ulasmak icin google’da ismini arattigimda karsima, rezaghadiri.net adresli site cikti ilk olarak. Kendi sitesi diye tikladim dogal olarak.

Ust baslik ilgincti:

Reza Ghadiri, The Scripps Research Institute, Science — and all that jazz

Ne ola ki bu site diye incelerken, sitenin Ghadiri’nin eski bir doktora ogrencisinin hazirladigi bir site oldugunu anlamak cok da zor olmadi. Ama oyle basit bir eski ogrenci degil. Doktorasinin son senesinde gruptan ayrilip, Ghadiri’ye ve genel olarak ABD’deki doktora egitim sistemine ates puskuren, elestiren, bazen yerin dibine sokan, Andrei isminde biri siteyi hazirlayan.

Gorunen o ki, Ghadiri’nin sahsen oldukca takdir edici bir sekilde baslayan ve devam eden akademik kariyeri, cok da saglikli zemin uzerinde ilerlemiyordu.

Denebilir ki, olabilir bazi insanlarla bazilarinin yildizlari barismaz, Andrei ile Ghadiri’ninki de boyle birsey belki. Ama sitedeki yazilanlara okuyup da olayin sadece bir tek doktora ogrencisinin hocasiyla anlasamamasi olmadigini gormek mumkun. Andrei’nin ifadesine gore, kendisi gruba 2003′de girdiginde 5 olan doktora ogrencisi sayisi, 2009′da ayrildiginda sadece 2 kalmis. Diger iki kisi baska lablara (Prof. Finn’in) gecmisler (iltica et(tiril)misler kendi deyimleriyle), doktoralarinin 2. ve 3. senelerinde[2].

Detaylari sitedeki yazilardan ve yorumlardan okuyabilirsiniz ama kisaca ne mi yapmis bu Reza Ghadiri.

Ozellikle ABD vatandasi olmayan ogrencilerine, sirf yabanci olduklari icin daha cok calismalari gerektigi konusunda baski (bakin ben de yabanciyim, buraya kolay gelmedime getiriyordu herhalde), projede fiziksel olarak katkisi olan kisilerin ismini yayina koymama gibi etik disiliginda da otesinde davranislar ve uyguladigi ilginc motivasyon teknikleri: ”Working hard to make me famous?” diye soran ilginc bir espri anlayisina ship biri oldugu gorunuyor. Ayrica ingilizce ifade ile “Saturday-morning-phone-call assholes” turunden hirs kupu bir tez hocasi[3].

Distan oldukca kolay yaklasilabilen, heyecanli, mulayim gorunen Ghadiri’nin ic dunyasi pek de oyle degilmis anlasilan.

Sitedeki, ABD’deki akademik hayatin isleyisi hakkindaki yazilari, ABD’ye doktora icin gitmeyi dusunenlerin okumasini oneririm. Elbette her doktora hocasi da Ghadiri gibi degil ama en azindan hoca seciminde dikkatli olmak icin bu tur profesorlerin varligini da unutmamak gerek.

Ghadiri bu konuda bir ilk degil elbette. Ama hakkinda blog acilan ilk profesorlerden biri olabilir[4].

Ama bu siteyi gorunce aklima, gecen sene ortaya cikan[5], o zamanlar (14 yil once) Caltech’de (su an ETH Zurih’te) profesor olan Eric Carreira (ki kendisi alanında isim yapmış bir kişidir)’nin bir postdokuna (Guido Koch) yazmis oldugu resmi mektup geldi (Soldaki resme tiklayarak okuyabilirsiniz). Mektupta calisma stilini begenmedigi Guido’ya, hafiften tehditvari ifadelerle (kovma tehdidi tabii), aksamlari ve haftasonlari daha cok calismasini ve tatil yapacaksa da bunu oncelikle haketmesi gerektigini soyluyor. Sen calismassan senin yerine her gun gelen basvurulardan birini rahatlikla alabilirim diyerek, kapitalist sisteme selam cakan Carreira, 14 yil sonra ortaya cikan bu mektuba binaen yaptigi, “men insan degilmiyem, yillar once yaptiginiz bir seyi unutmak istemediginiz olmadi mi hic? Tarihteki olaylari o zamanki konjuktor icinde degerlendirmek gerek. Hem, Guido ile de su an can ciger kuzu sarmasi gibi her cuma Zurih’te gol kenarinda icmeye gideriz, bu da o mektubun ciddiyetini gosterir size, yaa naber” mealli bir aciklama[6] ile mektubu inkar etmeyip, bundan pek de gurur duymadigini ifade etmektedir.

Bu mektup ABD’de ozellikle iyi universitelerdeki doktora sistemindeki modern koleligin yazili kaniti konumunda kismen. Labda calismaktan baska bir hayatinin olmasini beklemeyen ve yukselme arzusuyla hirs kupune donusen bazi profesorler, oldukca rekabetci bir ortam olan bilim dunyasinin toprak ve kole sahibi insanlarina donusmekte. Kolelik benzetmesi sadece cok calismakla da ilgili degil. Ayni zamanda hicbir haklarinin olmayisi ile de ilgili. Bir profesor doktora ogrencilerinden birini, isterse 3-4 makalesi olsun, ister doktorasini bitirmesine aylar kalmis olsun, hic bir savunma hakki birakmadan kovabiliyor. Ve universite buna karsi bir engelleme yapamiyor. Diyemiyor ki tamam madem bu adami istemiyorsun bu labda ama bari en azindan doktorasini ver de oyle gitsin. Dese bile bir ise yaramiyor (gercek hikaye). Bir de bazi profesorlerin ellerinde bir koz, tehdit unsuru olarak gordukleri tavsiye mektuplari ile doktora surecinde etkili olduklari ogrencilerinin hayatina, doktora sonrasinda da damga vurarak, zaten sancili gecen doktora surecinde, “oh en azindan bitince kurtulacagim” rahatlamasini onlara cok gormekteler.

Bir de bu tur modern kolelik tarzi laboratuvar hayatini, baskiyi, cekismeyi, rekabetci ortami kaldiramayip intihar edenler var maalesef. Sanirim bu baglamda en kotu une sahip kisi toplam 3 doktora ogrencisi (Felix Chau (1987), Fung Lam(1997) ve Jason Altom(1998)) intihar eden, E. J. Corey. Kendisi sentetik organik kimyanin ciddi anlamda babasi denebilecek, 1990 Nobel Kimya Odulu sahibi bir bilim insani. Gel gor ki, yaptigi iyi bilimin yaninda, laboratuvarinda calisan insanlara sundugu rekabetci ortam nedeniyle de oldukca elestirilenlerden. Ozellikle de 1998 yilinda KCN ile intihar eden doktora ogrencisi Jason Altom’un geride biraktigi intihar mektubu, Corey’in basini oldukca agritmis olsa gerek. 3 sayfalik mektupta, doktora egitim sistemini elestirip, oneriler getiren Altom, ben cektim en azindan baska nesiller cekmesin diyerek bir doktora ogrencisinin en az 3 danismani olmasi gerektiginin ve sadece tez hocasinin yaptiklarini degerlendirmesinin, profesorlere kontrolsuz ve buyuk bir guc verdiginin altini cizmekte[7]. Altom’un intiharinin ardindan bazi universiteler bu tur bir sistemi -en azindan- konusmaya ve tartismaya baslamislardir. Somut bir adim atan bir yer var mi bilmiyorum ama en azindan Altom’un hayati, baskalarininkini degistirmek icin etkili oldugunu soyleyebilirim.

ABD’deki doktora egitiminin bir baska boyutunu ise daha birkac hafta once C&EN’de yayimlanan “Doctoral Dilemma” isimli makale[8], ABD’deki kimyagerlerdeki issiz sayisindaki artis nedeniyle, acaba gereginden fazla mi doktorali kimyager yetistiriyoruz sorusunu sorarak konuyu irdeliyor ve farkli goruslerden insanlarin fikirlerini, son 10 yilin istatiksel verileriyle sunuyor.

University of North Carolina’dan, Rudy Juliano da Science Dergisi’ne yolladigi mektupta[9], farmakoloji ve biyotibbi alanlardaki doktora ogrencisi sayisinin orantisiz bir sekilde arttigindan ve de artan issizlikle bir cok ogrencinin doktoraya devam ettiginin altini cizerek su harika cumle ile bir cok seyi ozetliyor:

University leaders often seem to confuse quantity and quality. They want more grants, more buildings, more faculty, and more students. We need to substitute “”better”” for ““more”.”

(Universite yoneticileri kalite ile miktari siklikla birbirine karistiriyor gorunuyorlar. Daha fazla odenek, daha fazla bina, daha fazla ogretim gorevlisi ve daha ogrenci istiyorlar. “Daha iyi” yi “daha fazla” ile yer degistirmemiz gerekiyor.)

Bu ifadeyi alip, Turkiye’de her sehire bir universite diye bas bas bagiran yoneticilere iyi anlatabilmek lazim[10].

Kısaca, ABD’de bazi profesorlerin yaptiklari sahane “bilim vitrin”leri, bu insanlarin ogrencileri ve lab calisanlari ile olan iliskilerini orten bir maske durumunda. Doktora icin arastirma grubu secerken goz ardi edilmemesi gereken bir unsur bu, yani profesor-ogrenci iliskisi. Kotu es, insani filozof yaparken, kotu doktora hocasi insani hayatindan edebilmekte. Aman dikkat, elindeki gücü öğrencilerini köle gibi çalıştırarak kullanan, duygusal zekası gelişmemiş, empati yoksunu profesorlere düşmeyin.

Salih Özçubukçu

[1] Ghadiri, M. R., Granja, J. R., Milligan, R. A., McRee, D. E., and Khazanovich, N. “Self-assembling organic nanotubes based on a cyclic peptide architecture.” Nature 1993, 366, 324-327.

http://www.nature.com/doifinder/10.1038/366324a0

[2] Hartgerink, J. D., Clark, T. D., and Ghadiri, M. R. “Peptide nanotubes and beyond.” Chem.–Eur. J. 1998, 4, 1367-1372.

http://www3.interscience.wiley.com/journal/5008816/abstract

[3] Sana da birini hatirlatti mi Murat, beybi demiyormus ama ogrencilerine bak en azindan (:.).

[4] Son olmamasi elinde Murat (:.

[5] http://www.chemistry-blog.com/2010/06/22/something-deeply-wrong-with-chemistry/

[6] http://www.boston.com/bostonglobe/ideas/brainiac/2010/06/is_this_whats_w.html

[7] http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9D00E5DB1F30F93AA15752C1A96E958260

[8] http://pubs.acs.org/cen/science/89/8905sci1.html

[9] http://www.sciencemag.org/content/330/6007/1045.1.full

[10] Hayir, anlatim hatasi yok bu cumlede, anlatim kivirmasi var (:.

Eksi Sozluk‘ten okudugum kadariyla azitli bir bilesik nedeniyle gerceklesmis;

“….sıcak acyl azide’ın üzerine sıcak benzen konulması üzerine hızlı gaz çıkışıyla patlama meydana gelmiş…..” (metucan 25.02.2011)

Aklima, bundan 5-6 sene Aachen’da doktora yaparken alt katimizdaki Prof. Gais’in labindaki patlama geldi. Onda da yine azitli bir bilesigin buyuk olcekteki sentezi sirasinda korkunc bir patlama olmus ve sanseseri laboratuvarda kimse olmamasi nedeniyle (Grup toplantilarinin gorunmez hikmetleri) yaralanan olmamisti.

Ayni labda calisan Serdar’in cektigi yandaki fotografta da goruldugu gibi, ceker ocagin surgulu penceresinin yerinden oynatacak kadar buyuk bir patlamaydi gerceklesen. Ceker ocak icindeki atik sisesinin hali ise icler acisi. Cam cam ustunde birakmayan bir patlama. Serdar’dan edindigim bilgilere gore, deneyi koyan doktora ogrencisi, buyuk olcekte sentezlemek icin hazirladigi azitli tepkimenin, cam balonunu sikica kapamis (Olumcul hata no 1).

Yahu azit de neyin nesidir diyenler icin kisa bir aciklama yapayim. Azit, -N₃ grubunun oldugu bilesiklere verilen genel bir isim. Bin bir cesit turevleri olabilir bunun. Oldukca sik kullanilir degisik amaclar icin. Mesela en yaygin kullanimi, sodyum azit olarak arabalardaki hava yastigidir[1]. Zaten sirf bu kullanimi ile de nasil bir patlamaya hazir bir bilesik turevleri oldugu anlasilir sanirim. Patlama da bozunmalari sonucu cikardiklari N₂ gazindan kaynaklanir. Patlama denilen sey, kucuk bir hacimde bir anda, cok hizli bir sekilde olusan gaz veya gazlarin bulunduklara kaba sigmayarak yirtinmalaridir. Evet resmen yirtinir bunlar. Hava yastiklarinda bu kontrol bir sekilde gerceklesir, hayat kurtarir. Laboratuvarda cam bir balon icinde gerceklesirse, parca tesirli bomba etkisi yapar, dehset sacar, cam sacar, yuzunuz gozunuz parcalanir.

Sanirim laboratuvarda beni en cok endiselendiren seylerden biri bu. Cam bir balonun yuzume patlamasi. Defalarca azitli bilesiklerle calistim. Hatta bir keresinen 15 gram kadar benzil aziti bir defada sentezlemisligim de vardir. Benzildiazit diye kisaca hatali isimlendirecegim 1,4-bis(azidometil)benzen de sentezlemistim, birkac gramlik olceklerde. Ancak her defasinda cam balonun agzini cok hafif bir sekilde sadece iceriye kazara birsey girmesin diye kapattim ve oda sicakliginda gerceklestirdim (Hoş, isitmam gerekmiyordu da ondan).

Zira, azitli bilesiklerle deney yaparken yapilan olumcul hata, tepkime kabini isitmak veya agzini siki bir sekilde kapatmak. Eger illa isitmaniz ve agzini kapatmaniz gerekiyor, yani oksijen ve nem hassasiyeti var ise bu durumda yapmaniz gereken, tepkimenin gerceklesecegi cam balonu, celik bir kabin icine yerlestirmektir. Agzi vidali olan bu kaplar, laboratuvar malzemesi satan yerlerden temin edilebiliyor.

Eger bu da mumkun degilse, yine laboratuvarlar icin satilan plastik ve seffaf koruyucu kalkanlar ceker ocagin icine cam balon ile disarisi arasina yerlestirilebilir.

Azit iyidir hostur ama bu tur sorunlarindan dolayi endustriyel olarak az tercih edilen reagentlerden biridir. Mesela onemli bir dogal urunun ya da bir ilacin sentezini mi yaptiniz. Eger senteziniz de azit iceren bir basamak var ise bu maalesef endustriyel uygulamalar icin, buyuk olcekli sentezler icin hic de tercih edilen bir durum olmadigindan, bu tur bir uygulama bulma sansi oldukca dusmektedir.

Ha hic mi yok azit iceren endustriyel boyutta organik molekul sentezi. Var elbette, mesela bunlardan belki de en unlusu, kus gribi vakasiyla gundemimize giren, Tamiflu‘nun sentezi[2]. 2005 yilinda, tamiflu’nun baslangic maddesi olan şikimik asit’in elde edildigi cin yildiz anasonu, artan uretimi karsilayamayinca, bir cok organik kimyaci, alternatif sentezler uretmeye baslamisti. Azit kullanilarak yapilan eski sentez de tekrar masaya yatirilmis ve azitsiz alternatif sentezler arayisiyla onlarca makale yayimlanmisti[3].

(Chem Draw da Ş harfi yazılmadığı için şikimik asiti orijinal hali shikimic olarak yazmış bulundum, bilinçli bir durumdur)

Şikimik asit kitligi da biyokimyasal sentezi gerceklestirilerek bertaraf edilmisti[5].

Kisacasi, azit iyidir hostur ama varolussal sorunlari nedeniyle, insanoglunun basina bela olmaktan da geri durmamakta. Bize dusen de guvenlik acisindan gerekeni yapip, tedbiri elden birakmamaktir.

Son olarak da yaralananlara tekrar gecmis olsun diliyorum.

[1] Mesut Erkinöz, Hava Yastiklari, Katalizör E-Dergisi, Sayı 1, 2008, Sayfa 32. http://www.katalizor.net/katalizor01.zip

[2] Abrecht, S.; Harrington, P.; Iding, H.; Karpf, M.; Trussardi, R.; Wirz, B.; Zutter, U. Chimia 2004, 58, 621.

[3] http://en.wikipedia.org/wiki/Oseltamivir_total_synthesis

[4] Johansson Louise, Lindskog Anna, Silfversparre Gustav, Cimander Christian, Nielsen Kristian Fog, Liden Gunnar (2005). “Shikimic acid production by a modified strain of E. coli (W3110.shik1) under phosphate-limited and carbon-limited conditions”. Biotechnology and Bioengineering 92 (5): 541–552 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.20546/abstract

]]> http://www.ozcubukcu.com/dikkat-azit-var/feed/ 0 http://www.ozcubukcu.com/tekme/ http://www.ozcubukcu.com/tekme/#comments Fri, 25 Feb 2011 03:34:01 +0000 sozcubukcu http://www.ozcubukcu.com/?p=1064 Birkac gun once kisa bir ruya gordum. Ruyamda, doom benzeri bir oyun oynuyorum. Oyunun ilk basinda kullanacagim silahim yok. Bu nedenle karsima gecen ilk dusmana bir tekme atmak icin ayagimi kaldirip vuruyorum. O esnada, yatagin sol tarafinda duvara dogru donuk uyuyan ben, sag ayagimla duvara tekme attim. Evet, bildigin tekme atip cektim, ayagimin disiyla. Acaip de bir ses cikti. Ayagim fena halde acirken, ruyadan ayilmaya, demin ne yaptigimi anlamaya calistim. Uyku sersemi bir halde iken, ruyamda atmaya calistigim tekmeyi, duvara attigimi, ayagimin fena halde acidigini anladim. Zorla gozumu actim. Deniz uyanikti ve Ada’yi emziriyordu. Demin ben duvara tekme mi attim diye sordum Deniz’e. O da Ada uyanmasin diye sessiz attigi kahkahalarinin arasinda evet dedi bana. Bir sure ayagimdaki agridan uyuyamadim.

Ruyalarimda o kadar hoplar, ziplar hatta ucarim ama tekme atarken, gercekten tekme attigimda ilk kez basima geliyor. Hatirladikca guluyorum hala kendime, ne tekmeydi o oyle. Gun boyu ayagim sizladi, derisi kalkan yerleri acidi. Neyseki sola donuk bir sekilde sag ayagimla tekme attim, diger yone dogru olsaydi, cok fena bir sonuc bekliyordu Deniz’i. (:.

Bu nedenle, evrim teorisiyle bilgisayarı birbirine benzetirim. Şöyle ki:
Şu an hemen hemen her evde bulunan herhangi bir bilgisayarın içine baktığınızda, ben şahsen hala hayret ederim; insanoğlu bunu nasıl yapmış diye. Benim için dünyadaki o şahane düzenle son derece benzer özellikleri var. Milyonlarca devre bir araya geliyor, ekrandaki görüntüler oluşuyor, klavyede tuşlara basıyoruz bu yazılar yazılıyor vs.vs. Ki bunlar en temel işlemler. Daha karmaşık olan programları, bilgisayar oyunları, grafikler, üç boyutlu görseller vs. bunlara hiç girmiyorum bile. Hatta gittikçe küçülen bilgisayarlar, telefonlar vs. ile de bakış açısını genişletebilirsiniz.

Normalde ortalama dindar bir insanın, ya bak işte kendin söylüyorsun, insan zekasının yapmış olduğuna şaşırdığın bu harika bilgisayarlar, kendi kendine olmuş değiller, bu nedenle de şu mukemmel dünya da kendi başına olmuş olamaz diye çıkışmaya başlamış olsa gerek, eğer buraya kadar okuduysa.

Hayır efendim, benzettiğim nokta bu değil. Benim nasıl yapıldığını anlayamadığım bu şahane bilgisayarların ve teknolojik aletlerin çok değil 60-70 yıllık geçmişindeki tarihsel gelişimine baktığımda, basamak basamak nasıl ilerlediğini gördüğümde, benim için bir çok şey daha açıktı. Almanya’nın Bonn şehrinde Arithmeum isimli bir müze var. Burada abaküsten başlayarak, basit hesap makineleri ve oradan da yavaştan bilgisayarlara geçişi, basamak basamak, adım adım, gerçek aletlerle görmeniz mümkün. Bu müzeyi gezdikten sonra, artık bu bilgisayarların bu noktaya nasıl geldiğini, nasıl olup da bu kadar geliştiğini şu zihnim daha iyi kavrar hale geldi. Sadece son haline bakıp da şaşkınlık içinde kaldığım bilgisayarlar artık benim için daha anlaşılırdı.

Hem de tüm bu bilgisayalar, 60-70 yıl gibi çok kısa bir sürede gerçekleşiyor. Bu kadar korkunç gelişmenin bu kadar kısa sürede olmasını sağlayan da insan zekası. Aslında benim anlayamadığım nokta, insan zekasının bile bunları nasıl yapabildiği idi. Basamak basamak en basitten karmaşığa doğru gelişmeyi görünce, benim için çok daha anlaşılır hale geldi bilgisayarın nasıl yapılabildiği.

Bir yanda insan zekası ve basamak basamak gelişerek sadece 60-70 yılda harikalar yaratan bilgisayar ve teknolojisi. Diğer yanda kendi kendine oluşan bir sistem ve yine basamak basamak, yavas yavas milyon senelerde oluşan, evrimleşen bir dünya. İşte benim benzettiğim nokta bu. Yani değişimin, ilerlemenin yavaş yavaş olması ve her defasındaki çok küçük bile olan bir gelişmenin, aradan yeterli süre geçtiğinde korkunç bir değişime ve gelişmeye sebep olması.

Sanırım Türkiye’deki yüksek enflasyonun da etkisiyle milyonlu sayılara alışkın olduğumuzdan, milyon senenin ne kadar uzun bir süre olduğu iyi anlaşılamıyor.

Ekleme: Bilgisayar-evrim benzetmesinin yapilmisi varmis: (bkz: bilgisayar mucizesi)

-Asagidakilerden hangisi dua ile olacak is degildir?

Soru zaten senlik, şıklari birbirinden senlik. Ben devraliyorum anlatma isini. Bak diyorum Selin, soruyu ve şıklari ilk okudugunda, tüm şıklar dogru ya da yanlis gibi geliyorsa, yani hepsi uyuyorsa, sirayla hepsini teker teker incelemelisin vs. diye anlatirken, birden sinifin hocasi -ki kendisi Kenan Dogulu- soruyu hic kimse dogru yapamaz diye atliyor. Megersem soruyu o hazirlamis. Birden, Kenan Dogulu’nun flashback’ini izliyoruz. Birkac yil önce, Volkan (yine Avrupa Yakası dizisindeki) yolda yürüyen Kenan Dogulu’yu durduruyor. Pişştt, genc, kac yasindasin sen bakayim diye soruyor. Kenan dogulu da cevap veriyor. Volkan da, ya iyi cok gec kalmamisim, bir iki yil sonra öss’ye giricem, üniversiteye gidicem, biraz kültür mültür birseyler ögrenirim, insallah söyle “böyle olacak” diyor. Kenan dogulu bu olaydan ilham alip, bu soruyu hazirliyor ve Volkanin hic olmayacak bir duaya amin demesinden dolayi, o şıklardan birine, volkanin “söyle böyle” olacak diye dedigi seyi koyuyor. Şıklarin hepsi deli sacmasi ve bir tanesi şu sekilde

c) milka: findikli, milka: sütlü, milka: fistikli

Flashback’den gercek hayata döndügümüzde benim acaip tuvalete gitme ihtiyacim hasil oluyor. kosa kosa gidiyorum ve mesanemi büyük bir cosku ile bosaltirken, bir yandan da, en az ses cikaran yer neresiydi bu klozetin diye düsünüyorum (bkz: klozete iserken en az ses cikaran noktayi bulmak). bir yandan ya, iyi ya bari en azindan abimi görüyorum diyorum, zaten normalde de yilda bir iki kere görürdüm, ne güzel diyorum.

Mesanemin yaptigi basinc ile uyaniyor ve rüyanin sonundaki tuvalet sahnesinin sebebi anlasiliyor. Kalkip, benzer coskuyla tuvalete mesanemi bosaltiyorum.

Resim: http://www.inmagine.com/izs001/izs001572-photo